Houghton tham gia G. D. Searle & Company trước khi chuyển sang Công ty Cổ phần Chiron vào năm 1982. Tại Chiron, Houghton cùng với các đồng nghiệp Qui-Lim Choo, George Kuo và Daniel W. Bradley từ Trung Tâm Kiểm Soát và Phòng Ngừa Bệnh Tật, lần đầu tiên phát hiện viêm gan C.[12]

Houghton là đồng tác giả của một loạt các nghiên cứu được công bố vào năm 1989 và 1990 đã xác định các kháng thể viêm gan C trong máu, đặc biệt là ở những bệnh nhân có nguy cơ mắc bệnh cao hơn, bao gồm cả những người đã được truyền máu.[13][14][15][16] Công việc này đã dẫn đến sự phát triển của xét nghiệm sàng lọc máu vào năm 1990; việc sàng lọc máu rộng rãi bắt đầu từ năm 1992 với sự phát triển của một xét nghiệm, từ đó hầu như loại bỏ được sự nhiễm viêm gan C từ nguồn cung cấp máu được hiến tặng ở Canada.[17][18] Trong các nghiên cứu khác được công bố trong cùng thời gian, Houghton và các cộng sự đã liên kết viêm gan C với ung thư gan.[19][20][21]

Năm 2013, nhóm nghiên cứu của Houghton tại Đại học Alberta đã chỉ ra rằng một loại vắc-xin chiết xuất từ một chủng Viêm gan C duy nhất có hiệu quả chống lại tất cả các chủng virus.[22][23] Đến năm 2020, vắc-xin đang trong giai đoạn thử nghiệm tiền lâm sàng.[24]